大氣式plasma和真空plasma等離子清洗機在下述層面的差異：
1.清洗方式不同
大氣式等離子清洗機的噴嘴直射正離子，通過噴嘴的結構間接改變了正離子的運動方向(直接面對被處理的材料)。因而，大氣等離子體只能對1個表層做好處理。
在真空plasma等離子清洗機的工作上，腔內的正離子不是定向的，只要材料暴露在腔內，無論哪一面、哪一角都能清洗。

2.使用氣體層面不同
大氣plasma等離子清洗機工作時只需接入壓縮空氣，當然想效(效果)更好可以直接接入氮氣。大氣plasma等離子體清洗機通入氣體的目的主要是活性化、增加侵蝕性。在應用層面比較有局限。
真空plasma等離子清洗機在氣體上有更多的選擇，可以選擇多種氣體來匹配材料表層氧化物和納米級微生物的去除。真空plasma等離子體清洗機進入氣體的目的是提高蝕刻效果(效果)，去除污染物，去除有機物，提高潤濕性等。很明顯，真空等離子清洗工藝的選擇范圍更廣，將得到更廣泛的應用。
3.使用溫度不同
雖然空氣中的plasma等離子清洗機雖然在處理材料幾秒后的溫度在60°-75°之間，但是這一數據是根據噴槍距離材料15mm，功率在500W，與三軸速度120mm/s相匹配。當然，電力、接觸時間和處理高度會影響溫度。特別要注意的是，大氣plasma等離子清洗機噴槍工作時噴出的火焰分為內火焰和外火焰，我們清洗時用外火焰清洗，內火焰在噴嘴中，從外面看不到。但若長時間對某個點噴出“火焰”而不移動，則容易使表層產生灼燒。因而，大氣等離子體的溫度必須在實際情況下測定具體的數值。
真空plasma型等離子清洗機并不復雜，根據電源頻率，以40KHz和13.56MHz為例。通常，材料放入室內工作，頻率為40KHz，一般溫度為65°下述，機械內部設有強冷風扇，處理時間不長，材料表面溫度與室溫一致。頻率為13.56MHz的話，通常在30°下述。因而處理一些容易受熱變形的材料，真空plasma等離子清洗機是再合適不過了。
4.正離子產生條件不同
大氣plasma等離子清洗機依靠接入氣體，氣壓在0.2mpa左右才能產生正離子。
真空plasma型等離子清洗機依賴真空泵，在產生正離子之前，即使不接入(何)外部氣體，也必須將室內真空度提高到25pa下述才能產生正離子。